Herzog Heinrich II. Jasomirgott (1114-1177) machte Wien zur Residenz des Babenberger-Territoriums. Um der neuen Hauptstadt mehr Bedeutung zu geben, berief er 1155 irische Mönche aus dem Schottenkloster St. Jakob in Regensburg nach Wien. Der lateinische Begriff „scoti“ bezeichnete im Mittelalter alle Gälen, vorrangig aber die Bewohner der Insel Irland. Die neue Gründung sollte in erster Linie eine Stätte des Gebetes sein, dann aber auch ein Ort, an dem Pilger und Gäste Aufnahme finden konnten, eine Zufluchtsstätte für Asylsuchende (der Name „Freyung“ – die Freistätte für Verfolgte – erinnert heute noch daran) und ein Zentrum kulturellen Lebens.
In den Jahren bis 1200 entstand außerhalb der damaligen Stadtgrenze ein mächtiger romanischer Kirchenbau, der um einiges größer war als der heutige; der Ostteil der romanischen Kirche reichte um etwa 25 Meter über die Ostwand des heutigen Gotteshauses hinaus. Im Jahr 1200 wurden Kirche und Kloster durch den Passauer Bischof Wolfger von Ellenbrechtskirchen geweiht. Bereits 1276 fiel jedoch ein Großteil dieser mühsam errichteten Anlage einem Brand zum Opfer. Erdbeben in den Jahren 1348 und 1443 ließen abermals Spuren der Zerstörung zurück. In der Mitte des 15. Jahrhunderts entstand somit ein neues Klostergebäude.
Im Jahr 1418 endete die Ära der irischen Mönche, da ihnen im Zuge der Melker Klosterreform aufgrund des immer spärlicher werdenden Nachwuchses an Mönchen nahegelegt wurde, auch Einheimische in ihre Reihen aufzunehmen. Die Iren zogen es aber vor, in ihre Mutterabtei nach Regensburg zurückzukehren. Der Name „Schotten“ blieb jedoch bis heute erhalten.
Die grundlegende Neugestaltung der Schottenabtei fällt in das 17. und 18. Jahrhundert. 1648 wurde der heutige Kirchenbau vollendet, in den folgenden Jahrzehnten hat man auch die Klosteranlage von Grund auf verändert. Entscheidenden Anteil an diesen Bauten hatte Abt Carl Fetzer (1705-1750). Der heutige „Schottenhof“ wurde unter Abt Andreas Wenzel (1807-1831) durch den Architekten Josef Kornhäusel klassizistisch neu gestaltet.